בית הכנסת הגדול במזכרת בתיה הינו אתר היסטורי בעל חשיבות מקומית ולאומית.  מאז בנייתו בשנת תרפ״ז-1927 נקשר המבנה ההיסטורי בחייהם של תושבי המושבה לדורותיהם והוא חלק מהזיכרון הקולקטיבי של הקהילה. המבנה מופיע בסמל המושבה ומשולב באלמנטים שונים במרחב המקומי. בשנת 2015 הוכרז מבנה בית הכנסת כמבנה מסוכן עקב כשלים פיסים והנדסיים שהתגלו בו, וכיום מתקיימות בו עבודות שיקום ושימור בפרויקט משותף של המועצה המקומית, המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל, ובתמיכת משרד ירושלים ומורשת.